L'auto-entrepreneur bénéficiant du régime fiscal de la micro-entreprise, qu'il soit immatriculé ou non, doit tenir une comptabilité allégée. Il doit simplement tenir au jour le jour un livre des recettes encaissées à titre professionnel, qui en mentionne le montant et l'origine, en distinguant les règlements en espèces des autres règlements. Les références des pièces justificatives (factures, notes, etc.) doivent y être indiquées.
Lorsque l'activité de l'auto-entrepreneur consiste principalement à vendre des marchandises, fournitures et denrées à consommer sur place ou à emporter, ou à fournir des prestations d'hébergement, il doit tenir un registre récapitulant chaque année le détail de ses achats en précisant le mode de règlement et les références des pièces justificatives (factures, notes, etc.). L'auto-entrepreneur a l'obligation de conserver toutes les factures ou pièces justificatives concernant ses achats et ses ventes de marchandises ou de prestations de services.
En faisant établir une déclaration d'insaisissabilité de ses biens chez un notaire, l'auto-entrepreneur peut protéger ses biens (et les rendre insaisissables) comme sa résidence principale mais aussi tous ses biens fonciers, même s'ils n'ont pas de rapport avec l'usage professionnel de l'entreprise.
L'auto-entrepreneur est libre d'interrompre son activité à n'importe quel moment, sans être soumis à des formalités ou obligations administratives et fiscales complexes, y compris a posteriori. Il doit en informer le Centre de Formalité des Entreprise (CFE) auprès duquel il avait déclaré son début d'activité, que son activité soit commerciale, artisanale ou libérale. La déclaration à effectuer en cas de cessation d'activité dépend du régime fiscal pour lequel l'auto-entrepreneur avait opté lors de sa déclaration d'activité.